永历十五年(1661)十二月郑成功驱逐荷兰东印度公司势力之后,福建省漳州、福州及广东省惠州、潮州人民大量移居台湾,闽粤一带的佛教也随之传入,在明郑王朝先后有了竹溪寺、弥陀寺、龙湖岩等名刹。明郑年间除了福州涌泉寺(临济宗)的僧侣,对台湾寺院法脉影响深远之外,另有一个法脉,即福清黄檗寺(黄檗宗)。
台湾日治时代,日本临济宗妙心寺派和曹洞宗来台湾布教,并建立许多道场,其中以临济宗妙心寺派的“临济护国禅寺”和曹洞宗的“曹洞宗大本山台北别院”(东和禅寺)最为重要,两宗派除了在台湾布教,也积极从事社会、教育等事业。两宗派在战后撤出台湾,但是至今仍持续与昔日有缘之寺庙进行交流。其中,临济宗日僧东海亮道法师感念其曾在台湾布教的恩师东海宜诚法师,促成了“台湾三十三观音灵场”的创设。
战后台湾的禅宗在日人撤出后,改由来自大陆的和尚传扬。虚云老和尚于福州鼓山涌泉寺出家、师承妙莲老和尚,修习临济宗,而接曹洞宗的法脉,承嗣沩仰宗,法眼宗,云门宗,为禅宗近代集大成之禅师,于清末民初弘扬佛法不余余力,禅行风范为后世所敬仰。
农禅一脉以东初老人兴建农禅寺,圣严法师承袭法业,以法鼓山为道场发扬禅法。中台山惟觉和尚以禅学教育为基础,希望以僧众教育教化人心,以完善教育环境进行禅学与佛学教育,使得社会人心净化,提升心灵素质。
千佛山白云禅师幼时雷音寺住持虚因和尚收为徒弟。七岁剃度,承继天岳门月季禅师,成立以讲经弘法为主之民营广播公司,造就广大群众。
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