飞天藏殿建于宋淳熙7年（1180年），面阔17米，进深19.09米，高16.91米，为重檐宋式建筑。上下都施五铺作斗拱，殿中置飞天藏（转轮经藏或称星辰车），是根据宋代《营造法式》小木作转轮经藏而建，但结构更为复杂，规模更为宏伟，为国内罕见。飞天藏殿是我国现存的为数不多的宋代建筑，是四川省现存最古老的木结构建筑。
这次汶川特大地震，给窦圌山云岩寺造成巨大损坏。窦圌山道路沉陷、垮塌约2公里；主峰倾斜、裂缝，部分塌方，南北面下沉约1米；山体滑坡，铁索桥断裂1根。云岩寺山门，屋面、飞檐部分垮塌（屋面垮塌面积约15平方米）；文武殿屋面部分垮塌（屋面垮塌面积约5平方米）;天王殿两侧山墙全部垮塌（垮塌墙体约65平方米），殿内塑像垮塌，瓦屋面部分滑落；飞天藏殿两侧山墙、后金墙垮塌面积约250平方米；大雄殿屋面脊饰垮塌，屋面受损严重，三面墙体垮塌面积约200平方米，塑像裂缝、倾斜；玉皇殿、东岳殿、窦真殿、超然亭、春台、娘娘殿整体垮塌；财神殿屋面瓦部分滑落，塑像垮塌；鲁班殿四面墙体垮塌，屋面部分别受损（约20平方米）；十王殿屋面垮塌约200平方米，墙体垮塌约350平方米；围墙全部垮塌。
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