六祖惠能，俗姓卢氏，唐代岭南新州人。佛教禅宗祖师，得黄梅五祖弘忍传授衣钵，继承东山法门，为禅宗第六祖，世称禅宗六祖。唐中宗追谥大鉴禅师。著有六祖《坛经》流传于世。是中国历史上有重大影响的佛教高僧之一。六祖惠能大师的真身，现供奉在广东韶关南华寺的灵照塔中。历经千年的六祖真身，一直安坐在南华寺，历朝历代不加侵害，反而敬重有加。日寇侵华时他遭遇到了一次劫难，某日，南华寺来了几个日本兵，随行有医生。他们怀疑真身是假的，要剖开来一看究竟。当日本人用手术刀，从六祖的背后剖开一个小洞，从小洞看进去，他们看到的是保存完好的骨骼、内脏，而周围环境却根本没有很完善的保护措施。也许是由于惊骇和日本人的
信仰习惯，这几个日本兵，不得不惊叹起来，最后只得认定这是菩萨真身，吓得
顶礼膜拜而退。日本人的手术刀，并没有对六祖真身造成很严重的损坏，同时也因此在一定程度上保存了南华寺的完整——试想：如果不是日本人信这个，很有可能整个寺庙都被抢掠后付之一炬了。
第二次劫难是迄今为止最惨的一次，将慧能的真身几乎毁灭。在《佛源老和尚法彙》中，老和尚写道：“一天，六祖真身被红卫兵用手推车推到韶关游行，说是坏蛋、是假的、骗人的，要烧掉。结果被人用铁棒在背胸上打了碗口大的一个洞，将五脏六腹抓出来，丢在大佛殿。肋骨、脊梁骨丢满一地，说是猪骨头、狗骨头，是假的。并在六祖头上盖个铁钵，面上写：‘坏蛋’二字，放在大佛殿。原不准我们看，但我们仍偷偷跑去看了，心里难过得流泪，偷偷把六祖灵骨收拾起来，但没有地方可藏。一者怕人知道；二者怕自己不知道哪天被打死。六祖的灵骨不能这么样被丢掉啊！于是用一瓦盒上下盖好，埋于九龙井后山的一棵大树下，作好标记。并送信给香港圣一法师，要他来时用照相机把这个地方拍下来，以待太平时取出。丹田祖师的灵骨也同遭残害，我也分别收敛。”
六祖灵骨被佛源秘密保存起来，香港圣一法师到南华寺，按照佛源的指引偷偷地拍照，记住了埋藏的地点。 一直到1979年，佛源获平反，随即奉调到北京中国佛学院主讲律学，见到了明真、巨赞两位法师，告知以六祖真身事，又向赵朴初作了禀报。赵朴初一听，大为震惊，认为这是一件大事！佛源回忆道：“朴老马上写信给习仲勋（当时广东省最高领导）要他派人到南华寺处理这件事。” 习仲勋接信，马上派一位副省长去南华寺做工作，但当时的形势是宗教政策尚未完全落实，南华寺方面不同意恢复供奉六祖。来人向南华寺方面传达习仲勋的原话：“同意要恢复，不同意也要恢复！”话说得掷地有声，毫不含糊。南华寺方面只能听命。赵朴初随即派佛源从北京赶回南华寺，协助处理。
这段历史，在佛源老和尚的回忆中，十分感人：“六祖灵骨取出时，因入土已十多年，南方潮湿，肋骨已有霉变，但仍有条块形。脊骨受潮更重，更不如入土时的形象。丹田祖师的灵骨就更不如从前了。我将二位祖师的灵骨捧回自己的屋中，用木炭火烘干抹净，用一整块檀香木将脊骨、肋骨一节节驳接在檀香木上，粘好之后，再
如法放入真身内。外用绸布和漆封闭，并在檀香木上刻记，载明
因果。六祖的腑脏已朽，只好烘干成末，与檀香末混合塑形，放置于六祖胸内。当时我嚎啕大哭，发誓要生生世世护持六祖真身。当年的情况难以想像，如果我知道我不会死的话，决不会把六祖、丹田的灵骨埋到后山，受此损坏。此事我亦未尽到保护之责，心里难受之极，只有今后更加细心爱护
常住，舍身忘命也要保护好六祖。”佛源老和尚亲眼所见，六祖灵骨，历经一千二百多年，仍是金黄色，且坚硬沉重。而丹田祖师的灵骨相对呈黑色，分量也轻得多，“端的有金铜之别，确实不可思议。”
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