据《孔雀明王经》所载，佛世时，有一位比丘遭毒蛇所螫，不胜其苦。当阿难向释尊禀告之后，释尊乃说出一种可供袪除鬼魅、毒害、恶疾的陀罗尼，此即孔雀明王咒。此外，在久远以前，雪山有一金色大孔雀王，平素持诵该咒甚勤，因此恒得安稳。有一次，由于贪爱逸乐，与众多孔雀女到远地山中嬉游，而未诵该咒，因此为猎人捕捉。他在被缚之时，恢复正念，持诵该咒，终于解脱系缚，得到自由。释尊的这些开示，就是孔雀明王及其陀罗尼为世人所知的开始。
「佛母大孔雀明王经」中如是记载：
「时有一苾刍名曰莎底，出家未久新受近圆，学毗奈耶教为众破薪营澡浴事。有大黑蛇从朽木孔出，螫彼苾刍右足拇指，毒气遍身闷绝于地，口中吐沫两目翻上。尔时，具寿阿难陀见彼苾刍，为毒所中极受苦痛，疾往佛所礼双足已。而白佛言：『世尊！莎底苾刍为毒所中，受大苦恼。具如上说。如来大悲云何救护？』作是语已，尔时佛告阿难陀：『我有摩诃摩瑜利佛母明王大陀罗尼，有大威力，能灭一切诸毒怖畏灾恼，摄受覆育一切有情，获得安乐。汝持我此佛母明王陀罗尼，为莎底苾刍而作救护，为结地界结方隅界，令得安隐，所有苦恼皆得消除。』」修习孔雀明王神咒除去一切毒害，平息一切灾难怖畏，诸病消除，避免非时而死，得以日夜吉祥，益寿延年。
孔雀明王的法门，对于护国息灾、祈雨、除病、延寿、安产等世间利益、都极有效验，当然最重要的，还是以此尊作为出世间的修行依怙，使我们能圆满智慧、慈悲的菩提，速成无上的佛果。
孔雀明王最究竟的密义：【应是我们清净的自性。即是孔雀明王自身。】我们清净的自性，能够怯除我们心念中的贪、瞋、痴、慢、疑等各种毒害，使我们心念完全清净，让我们的智慧慈悲菩提圆满，具足一切敬爱、调伏、增益、息灾的妙用。也能广大圆成，帮助所有众生圆满愿望，得到幸福光明，并证得无上的佛果。
如果能够如此体会孔雀明王的密义，并发掘内在我们清净自性的孔雀明王，则我们不只能够得到孔雀明王的慈悲护持，使我们的家庭、事业，如意圆满，而最光明无上的吉祥胜果，也会迅疾的获得了。
