师六十三岁，和戒尘法师相约远游，其目的地是四川峨嵋山，云南鸡足山，由宝鸭口至紫柏山，游张良庙，过招化县，观张飞柏，至成都小住，由嘉定抵峨嵋山，礼普贤菩萨圣迹，在山居留数日，下山，过流沙河，适水涨，欲渡船，船索忽断，流又急，船小人多，稍侧即覆，师从流而下，在水浸一日，衣服及手足皆被小石割破，痛极难忍，天寒下雨，行抵晒经关，向一寺求宿，寺僧不准，令宿门外戏台，地湿衣湿不能睡，师与戒师同坐至天明。清早起程，至会理州，入云南境，过永北县，朝观音菩萨圣迹，渡金沙江，朝鸡足山，复闻石门内鱼罄声，翌日，上金顶进香，此时师又重睹滇省佛教衰败至此，全省僧规不整，鸡足寺僧，各据寺产，自称为大，师发愿在山结一庵，以接朝山海众，又为地方子孙寺庙所禁，思之欲泪，山上不能居留，遂下山抵昆明，得护法居士岑宽慈接住福兴寺，是岁在寺内闭关三年，戒尘法师为外护。
师六十五岁，由诸护法暨归化寺住持契敏和尚恳请出关，到归化寺讲圆觉经，四十二章经，皈依三千余人。入秋，由梦佛上人请到筇竹寺讲楞严经，传戒，此即师在滇省弘法之始，大理提督张军门松林，李军门福兴，率众官绅，迎至大理府，住三塔崇圣寺，请讲法华经，皈依又数千人，李提督福兴请师住持崇圣寺，师婉拒，师曰：“吾不住城市，早有愿在鸡足山挂单，而山上子孙不许，今诸位护法，能为图一片地，愿开单接众，以挽救滇中佛教僧众，恢复迦叶道场，此衲所愿。”
众称善，乃令宾川县知县办理，于山中觅得一破院，名钵盂庵，请师住持，师将该庵重修，辟为十方丛林，迎接海众，此即师在鸡足山重兴之始。
师六十六岁，石钟寺住持宝林和尚，请师在该寺传戒，求戒者八百余人，是年为重兴钵盂庵，师往南洋募化，先至南甸，在太平寺讲弥陀经，皈依者数百人，到仰光，高万邦居士陪朝大金塔，秉轮到槟城，在极乐寺讲法华经，在麻六甲青云亭，讲药师经，到吉隆坡灵山寺，讲楞伽经，法缘殊胜，前后皈依万余人。是岁冬月，在吉隆坡过年，接滇省全体僧众急电，谓政府要提寺产，上海寄禅和尚来电，促请公回国，共图挽救云。
师六十七岁，春月回国，船经台湾。登陆参观基隆灵泉寺，又至日本参观东京各地胜迹，三月回国抵沪，随即与寄禅和尚人等，进京请愿，会庚子年随銮护驾诸王公大臣，共襄策是，得各护法帮助甚多，诸事顺利，遂获上谕，准免寺产捐税，同时又得皇恩敕赐，“云南鸡足山钵盂峰迎祥寺，加赠名护国祝圣寺，钦赐龙藏，銮驾全副，钦命方丈，御赐紫衣钵具，钦赐玉印，锡杖如意，封赐住持虚云，佛慈洪法大师之号，奉旨回山传戒，护国佑民。内务府大臣传知虚云，谨领各件回山，永镇山门，善为布教，地方官民，一体虔奉，加意保护，毋得轻亵，此谕，光绪三十二年七月十五日给”
师六十八岁，请藏诸事，业已办竣。正月，运经出京，先至沪，及厦门，这段路程，全仗普陀佛顶山文质和尚，厦门转道和尚之力布置，师抵厦，忽接鼓山来电，谓妙莲老和尚于正月在龟山圆寂，是时厦门诸山长老僧众均到鼓山参加老人荼毗礼，师赶回鼓山，为妙莲老和尚建塔，传幽冥戒，至四月十日进塔，是日官绅士庶来山，络绎于道，入塔时，天坪祭斋百桌，大众诵经，上供毕，念变食真言时，忽一阵旋风，将诸祭品，旋于空中，灵龛顶一道霞光，直贯塔顶，众皆赞叹。灵骨一半入塔，一半运至槟城极乐寺入塔供养。
师迎藏经及妙莲老和尚灵骨灰至槟城极乐寺，大众迎者数千人，供灵时，大众念经，念到变食真言时，又忽起旋风，将万花吹散，灵龛顶涌白光，直透二里外，成为奇迹。此二事均师亲目看到，佛云：“密行难思议”，妙老则同此类人。
各事理妥，师启程到母那，观音亭讲般若波罗蜜多心经，继则乘船赴暹罗，船中无素食，终日趺坐，有一英人至师前，问曰：“大和尚，要往那里？”师知英人能懂说华语，回答：“要往云南。”英人邀师至客房坐，出糕饼牛奶，请师，师恐荤质，婉却之。英人又问：“你是云南何处？”师答：“是鸡足山迎祥寺。”英人说：“此寺规矩甚好。”师问：“先生曾到过吗？”英人答：“曾做过腾越昆明领事官，曾到该寺参观。”英人又问师：“到外国何事？”师将请藏经回滇，因路费缺乏，先到槟城化缘事相告。英人再问：“那你有公文吗？”师将公文证据及缘簿示之，英人慷慨地在缘簿写捐三千元，此亦奇缘，英人请师素食，同船到暹罗上岸分手。师住龙莲寺，讲地藏经，期内，英人到寺拜谒，付三千元，即辞去。师讲毕，因法会殊胜，众请续讲普门品，听者数百众，一日，师趺坐，一定九天，忘记讲经，一时暹京哄动，出定后，经讲毕，国王请师至王宫诵经供养，官绅皈依数千人。
师六十九岁，偕善庆和尚到雪兰峨观音阁，旋至怡保参观石洞，后往槟城极乐寺，讲起信论。越年，运经起行，取道入仰光，所载藏经，分乘三百余驮，人马同行，几及千众，经腾越、下关各镇，多承地方迎接，在路上数十日，人马平安，独由下关进大理时，忽雷电交作，洱海波腾，云气变幻，作奇景，而无雨，至寺门，行迎经大典，安妥，乃大雨滂沱，每日仍大放晴，成谓洱海老龙，来迎藏经。是时云贵总督李经羲，奉谕派员到大理，率官绅接旨迎藏，目睹斯事，大赞佛法无边。
师七十一岁，滇督李帅，暨其家眷来寺皈依。夏间，由鼓山转来湘乡家信，拆阅，系师在俗之发妻谭氏所寄。信里这样写道：
拜违尊颜，时深系念，奈云山阻隔，音问难通，疏慢之愆，职是之故，遥维德公大和尚，动定绥和，法体康健，曷胜远祝。忆君遁别家山，已五十余年，寤寐之间，刻难忘怀，未审道履何处，仙乡何在，未获卫侍左右，实深歉疚！今春正月，侧闻高隐闽海，优游自得，闻之不禁悲喜交集，然究未知的实下落，真令悬恋难测，因念上离父母养育之恩，下弃吾等结发之情，清夜思惟，其心安忍！况今兄薄弟寒，父母年迈，吾等命乖，未能兴宗继嗣，家中无倚靠之人，宗嗣无接续之丁！每念及此，未尝不涔涔泪下也，儒以五常为道，昔湘仙尚度文公，及妻，且我佛以亲怨平等，调达耶输，尽先度之，想吾等与君岂非缘乎！既不动乡关之念，还须思劬劳之恩，吾等无奈之何，今将家事，略述大概。
自驾别后，慈父令人四探无著，恸念于怀，常感有病，告老回家，养病一年余，至甲子年（同治三年）十二月初四日巳时逝世，丧事办妥后，姨母（即庶母王氏）领我并田氏小姐，同入佛门，姨母法名妙净，田氏鹅英，法名真洁，我名清节，家事概交叔婶料理，多作善举公益，余不烦叙。鹅英吐红，披缁四腊，撒手西归，乙亥年伯父在温州病故，我大哥现牧西宁府，荣国（从弟）偕鹅英三弟赴东洋，华国继续君嗣，至富国从君去后，未见音信，古谓大善无后，君虽僧伽再世，然顿绝二祠香烟，虽是菩萨度尽众生，未免使愚迷谤无孝义，吾本于孝义有亏，常慕君之灵根深厚，志昂誓坚，若运花之不染污泥，又何必远离乡井，顿忘根本，吾之所以痛苦呈书者，特为此也。去冬（宣统元年）己酉岁，十二月初八辰时，姨母王氏（比丘尼妙净）告辞西归，在弥留时，跏趺说偈，偈云：
每因恩爱恋红尘，贪迷忘失本来人！
八十余年皆梦幻，万事成空无一人！
今朝解脱生前累，换取莲邦净妙身。
说毕，敛视寂逝，异香数日，端坐巍巍，俨然如生，嗟呼！世虽梦幻，本人也感涕矣！今寄数语，使知家中事务，信到之日，速请束装就道，万勿迟延，并将富国一同回家，（富国从弟，前与师同走出家。）不枉清节倾渴翘冀，端尽愚忱，是吾所深幸也。况兹圣教凋零，楚夏风俗，君岂不知，伏祈我师如迦叶尊者，放紫金光，同作法侣，满腔蓄泪，尽形一望也。鄙语千言难尽，意义在不言中，匪朝匪夕，盼祷无涯矣！肃此敬叩慈安，伏乞丙鉴不宣。
君亦鸿雁别故乡，冲霄独自向南翔，
可怜同巢哀哀侣，万里秋风续恨长！
望断天边月，泪泉泻满睛，
我栖湘江上，竹痕已成斑！
君必成大道，慧业日当新。
昔时火宅侣，原是法城亲。
尼弟子清节顶礼百拜，哽咽泣书。（宣统二年二月十九日）
师看了，感慨万端，但又得悲喜交集，悲者，悲庶母抚育之恩未报，喜者，喜庶母出家四十余年，命终心不颠倒，留偈而逝，即生西之兆。
师七十二岁，是年宣统三年，辛亥革命，武昌起义，清帝逊位。师在祝圣寺领众打禅七，革命风声，传至滇省，地方大乱，人心怆惶，各省逐僧毁寺，风动一时，在滇省掌新军为协统李根源，恶诸僧徒，亲督队伍赴鸡足山，逐僧拆寺，又想师乃一穷和尚，何得各方民心敬仰，必有怪术，乃指名捕师，各方寺僧，惊惶逃窜，师寺中百余僧众亦皆惊恐，劝师逃避，师曰：“诸位惊惧则去，老衲不畏矣。”李根源领兵入山，驻军悉檀寺，毁金顶鸡足大王像，毁佛殿，毁诸天殿，师以事急，亲自下山会见李根源，但至军门首，守军不肯通报，师迳入，见李根源与前四川布政使赵藩同坐殿内，师至前致礼，李不顾，赵藩与师有旧，遂问师来此何干，师将情由陈述。时李公怒形厉声问道：“佛教有何利益？”师笞：“圣人设教，济世利民，为善去恶，从古政教并行，政以齐民，教以化民，佛教教人治心，心为万物之本，本得其正，万物得以宁而天下太平。”此时李公怒气稍温，又问：“泥塑木雕，岂不空费钱物？”
师答：“佛言法相，相以表法，不以相表，于法不张，令人起敬畏之心耳。人心若无敬畏，无恶不作，祸乱以成，即以世俗言，泥山塑圣，丁兰刻木，中国各宗族祠堂，以及东西各国之铜像等，亦不过令人心有所皈，及起其敬信之忱，功效不可思议，语其极则，若见诸相非相，即见如来。”
至此，李公略现悦容，呼左右具茶点来，又问：“何以和尚不做好事，反而做许多坏事，成为国家废物！”师喟然感叹一声答：“和尚是通称，有圣凡之别，不能见一二不肖僧，而弃全僧，岂因一二不肖秀才，而骂孔子，即今先生统领兵弁，虽军纪严明，其亦一一皆如先生之聪明正直乎！海不弃鱼虾，所以为大，佛法以性为海，无所不容。”
这席话，说服李公，李公笑颜逐开，知师非凡辈，俯首致敬，留师晚斋，秉烛深谈，由因果说到业报，由业报说到世界相续，由世界相续说到众生因缘，由浅入深，言愈畅，而理愈明，此时李公猝然大叹：“佛法如此广大，吾已杀僧毁寺，罪业深重，奈何！”师慰道：“此一时之风气，非公之过，愿公以后，永护佛法。”
李公大悦，翌日，李公随师移住祝圣寺，蔬食数日，八月初四日，山中忽现金光，自山顶至山麓，草木皆作金色，李公感动，遂执弟子礼，请师为鸡足山总住持，李公引兵离去，是役，若非师至道苦行，恐不能易转其恶念于刹那间，以是佛门有托，全赖于师。
是年，上海佛教同人来电，促师至沪，共襄佛教大局，因民国初立，订制佛教会新章，略与诸方抵触，时师北行至沪，与寄禅、冶开，诸公斡旋，于南京晤孙中山，商改订会章，事毕，复与寄禅同往北京晤袁世凯。佛教局面稍靖，寄禅忽病，坐脱于北京法源寺，师为料理丧事，扶柩至沪，在静安寺开佛教总会成立大会，及寄公追悼会毕，师领滇黔两省分会公文，及滇藏支会公文，准备回滇，李公根源，广书介绍函，与蔡锷诸公，共为护法。
师七十三岁，回滇后，即开办佛教分会，在文昌宫成立大会，举办佛教学校、布道团、慈善医院。
师七十四岁，创滇藏佛教分会。
师七十五岁，回鸡足山，重修兴云寺。
师七十六岁，在祝圣寺与鬼授戒。
师七十七岁，再到仰光，请回高万邦居士所送玉佛，在龙华寺讲经。
师七十八岁，在腾冲保山，各寺讲经。
师七十九岁，唐督继尧派员备书，令宾川县同入山请师，到昆明超度将士万灵，师不得已，应诺前往。是时道途多艰，县以乘舆及派兵护送，师却之，只挈徒修圆同行，至楚雄途中遇匪，搜出唐致师之函，威吓拷打，师曰：“不必打，请见你们总司令。”
即拿见其首领杨天福、吴学显，他们一见师，大声喝道：“你是什么人？”师答：“我是鸡足山和尚。”问：“何名？”答：“虚云。”问：“进省做什么？”答：“做佛事。”问：“唐继尧是个匪，你为何去帮忙他，他是个坏人，你与他来往，亦是个坏人。”师答：“你说坏人，亦是难说。”“何以难说？”答：“往好处说，人人都是好人，往坏处说，个个皆是坏人。”“怎么说？”师答：“假使你与唐两位，都是为国为民，为福国福民，乃至你们部下，个个都如此，岂不是个个都好人。从坏处说，你说唐是坏，他说你是坏，各有成见，如同水火，兵连祸结，害尽人民，岂不是个个都是坏人，老百姓从左是盗，从右是匪，如何可怜！”
杨吴等人，听了皆笑，吴说：“依你说不错，那么怎么办呢？”师曰：“依我说，你们不要打，请你们招安？”吴曰：“照这样，你不是叫我们投降吗？”师说：“不是这样说，我说招安，因为你们都是贤才，是招国家之贤士，以安地方，只要你们不存私见，安民救国，岂不是好。”吴听了，颇有意思，问师：“那么向何处办理呢？”师答：“向唐办理。”吴说：“向唐就不干，为什么？他杀了我许多人，关禁我许多人，现在我正要向他报复，还要我向他投降，这点，是我不能办的。”
师曰：“先生勿误会，我说向唐办理，因为他现在是中央委来的官吏，事权在手，将来你是中央官吏，你事权在手，他缎杀你许多人，我这回去做佛事，就是要超度兵士亡魂，至若关起来的人，我这回要请他大赦，你的人也不能例外，你如不听我劝告，古今战争，胜败难说，你与唐各有各的力量，究实你比他为难，他有人有财有补充，有中央力量，比你为强，我今日不是向你招安，路过此地，都算有缘，为国息争，为民安乐，方外人不惜饶舌。”
这席话，杨吴等人听了，大受感动，反为托师做个媒介代表。师说：“代表之事，贫衲实不敢当，请你们提出条件，我有机会，当向唐说。”杨吴等审议再三，提出六条：（一）在招安前放回我们的人。（二）不得把我们的兵解散。（三）不得将我们职权取消。（四）我们队伍归我们管。（五）过去两家战争不得追究。（六）招安后彼此兵丁不得有两样待遇。
师曰：“以此条件，想不成问题，俟与唐商后，当有公事给你们，及派员接洽。”，吴曰：“那么，烦劳老师父了，事若办好，我们感谢不尽。”师曰：“不必言谢，我是顺便经过的。”
此时杨吴对师格外优待，备美荤席款师，杨吴见师不举箸，即改素菜，是夕款谈甚欣，欲留师住，师以事忙，翌早，辞行，送路费食物及备舆马，派人护送，师却之。
师到昆明，唐派员招待，住圆通寺。是晚，唐见师说：“与老和尚别几年，我祖母、家父、室人，相继谢世，心已难安，更加土匪遍地，民不聊生，将士伤亡，孤魂未度，因此想做三件事：（一）作一场大佛事，求佛加被，消灾免难，超荐亡灵。（二）将圆通寺建一大丛林，弘扬佛法。（三）办一完善之大学，以教育青年。第三件，我自有人办，至第一二件，除老和尚外，别无他人能任。”
师听唐公提此三事，合掌赞叹道：“公发弘愿，斯世希有，是菩萨心，衲知识浅薄，无此能力，建丛林事，海内大德多人，但圆通寺非丛林地，住不过百众，请再考虑。至做佛事，日期不多，可代效劳。”唐公曰：“师言圆通寺地方不合丛林，甚高见，往后再说，做佛事如何办法？”
师即提三事，向唐公商议：（一）道场起经之日，全市禁屠。（二）大赦牢狱。（三）赈济难民。
唐公曰：“一三事可照办，至二件，系中央司法主权，唐不能自主。”师曰：“国家多事，中央已不能顾及，只与司李商之，便能做到，以迓天休。”唐公首肯。师又向唐公报告路上遇杨天福吴学显之事，藉此大赦，将他们的人放出，亦易于感化。唐听说，当下大喜，即斟酌办理大赦招安事。
师八十岁，春月，在昆明忠烈祠启建水陆道场，法会开始，即大赦及禁屠，于会期中，唐派员与杨吴商招安事，委二人为大队长，从兹地方安靖，二人始终不变。当法会开始，师上坛拈香时，全坛蜡烛尽开灯花，状如莲花，霞彩夺目，法会圆满，空中现出宝盖幢幡，飘漾云中，全城目睹，罗拜于地，唐公感动，合府皈依于师。
师八十一岁，唐督仍请师建水陆道场，请师住持华亭寺，师将寺名改为云栖寺，又将修建重兴。
师八十二岁，滇省自顾品珍倒唐夺政后，二月起天雨不息，城内可行舟，七月旱灾数月，热毒蒸腾，喉疫大作，死人数千。是时师初住云栖寺，遭此凶岁，诸事暂缓进行。一日，师与具行上人同进城，归途，拾一包裹，开视，内有金玉钏金钗环镖等物，滇币八千元法国币万余元，视毕，复裹之，待人来寻回，日将暮，离寺尚远，将物带走，俟明日再来等失主，后登报找寻，将到山下，渡海时，忽见一女子跳海，急趋救之，力牵上岸，女不肯，仍寻死，强伴至寺，已入夜，令她换衣，与之食不食，师劝慰良久，女自言姓朱，长沙人，生长云南，年十八岁，父在城内福春街开药行，只生我一人，因孙师长到家求婚，自称未娶，父母信之，过门后，知有元配，悉受骗，元室凶恶，屡遭毒打，父母又畏孙师长势，求生不得，求死不能，因此带了多少钱财逃出，欲往鸡足山投虚云老和尚出家，以不识路道，走了两天，在途上惊有人来追，包袱失落，今则非死不可，师询失物相符，遂交还，又慰藉。翌日，师通知朱孙两家来寺解释，以因果法示闻，其夫及大妇，跪在佛前，立誓忏悔前非，相抱而哭，视者动容，在寺住三日，男女老少数十人，发心皈依，受戒而去。
师八十三岁，重建云栖寺，时陈太史筱甫，将自己花园送与农林学校，取回胜因寺地址，改作云栖寺下院，建殿堂寮房，又修太华寺、松隐寺，在山下新建招提寺，改村名为招提村，在后山深林中，捡一包袱，内有金银币等值二十余万元，送与政府为赈济用，众谓常住困难，应留常住。师曰：“佛制僧人不得拾遗财，今已拾之，已属犯戒，归于常住，更为非议，诸公乐捐己财，以种福田则可，僧人无粮募化则可，拾遗归常住，衲不敢也。”众称善，遂拨赈款。
滇省连年灾旱，人民病苦，喉疫大作，死亡无数，上自将领，下至士民，无不思唐公旧德，群议定迎唐公回任，唐回滇督任，诣寺请师祷雨，坛设云栖寺，祈祷三日，雨大降，人民喜悦，喉疫一症，依然蔓延猖獗，唐说：“闻雪能止喉病，今已暮春，何能得雪？”又请师求雪，越日，雪下盈尺，喉疫顿息。
师八十四岁，是年建云栖寺七众海会塔一座。
师八十五岁，修理金山祖塔，七佛塔，共十六座，修全寺佛像，五百罗汉，胜因寺大殿，铸大铜佛三尊，修西方殿，塑三圣像。
师八十六岁，在寺讲经，传戒，打禅七。
师八十七岁，在寺讲经传戒，是时戒期殿前枯梅开白莲数十朵，前后菜园，所有青菜尽放青莲花，每花中心立一佛像，然此瑞兆，真属稀有，成为万古嘉言，张拙仙有诗为志：
华亭千岁劫如灰 云瑞重逢五色开
苦菜遍呈青玉佛 枯梅欣涌白莲台
正听阇黎宣戒本 一花复现一如来
师八十八岁，在寺讲经传戒，建幽冥大钟楼。
师八十九岁。与王九龄同来香港，时陈铭枢主粤政，派员来接至广州，住颐养院，同游白云山能仁寺，陈请师住持曹溪南华寺，师以年龄高迈，却之。至厦门福州，回鼓山，讲金刚经，赴育王寺拜舍利，再朝普陀，文质和尚陪至沪。是年冬月，鼓山达本老和尚圆寂，派人到沪商事。溯师自六十五岁至八十九岁，均住在云南宏化，在这漫长二十余年间，把云南衰微已久的佛教，全部复兴起来，在师手头，所修建的寺院，大大小小已有十余间，其中云栖祝圣两寺规模最大，作十方丛林制，开单接众，讲经坐禅，以师之德，深获全省人民爱戴，无不奉为活佛，花神地神，亦感师德，屡次应现瑞相，以证其行，依这一端，我们凡夫肉眼，亦能看得出师是不可思议的人物。
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